中医气功学是中医学术与气功学术相结合而产生的学科。由于中医与气功均为现代科学所关注，都是现代科学中多学科研究的对象，故中医气功学的相关学科众多。但现代科学的相关学科均从中医气功学自身的学术体系之外介入，属外在联系，于此不拟探讨。从学术体系的内在联系看，中医气功学的相关学科大致如下：

　　（1）中国古代哲学 中医学术与气功学术的哲学基础均为古典哲学。为了更好地把握中医气功学术的思维方式和思想方法，能够理解古人认识事物的世界观和方法论，从而认识中医气功学术的本质内涵，具备中国古代哲学的基本知识在所必须。

　　（2）宗教 医与巫的关系、气功锻炼与宗教修持的关系，决定了中医气功学与不同形式、不同时期的宗教有一定联系。从历史上看，早在数千年前，中医与气功即已从宗教的影响中脱离出来，形成了独立的学说。了解中医气功学与宗教学的关系，有助于认识中医气功学术的发展从迷信走向科学的历史进程。

　　（3）针灸推拿 作为一种疗法，气功与针灸、推拿在中医学中的学术地位相当，而且与它们有密切的联系。针灸疗法与推拿疗法，尤其是针灸，离不开经络，而古人认为经络的发现与气功直接相关。明代医药学家李时珍在《奇经八脉考》中就说过：“内景隧道，唯返观者照察之。”此外，针刺需要“得气”，推拿需要练功培育内力，也都与气功学术有深刻的内在联系。反之，针灸与推拿疗法的也能够给气功疗法以借鉴和支持，例如温灸或点按某些穴位可以养育、增强内气。临床上如能够将针灸、推拿、气功结合运用，使气机沟通内外，可以增强疗效。

　　（4）体育 前面论述气功的操作定义时，已谈到了气功锻炼与一般体育锻炼的区别。即前者是三调合一，后者是三调分立。由此引申，前者旨在进入特定的境界，后者则主要是肌体运动。气功锻炼中的动功与体育疗法的一些项目看上去相似，但只是形似而非神似。相对而言，气功疗法较注重内在，体育疗法较注重外在。因此，二者的治疗范围及效果均有一定差异。

　　（5）心理治疗 气功疗法具有心理疗法的某些因素，但不局限于心理疗法。心理疗法旨在调整患者的心理状态，其中常用的认知治疗、行为治疗等方法，特别是催眠治疗，与气功疗法有一定的相关性。这种相关性主要体现在调整心理状态的某些技巧上。但气功疗法不仅仅有调心的内容，还包括调息与调身，更要求进入三调合一的境界。故气功疗法的内涵要宽于心理疗法。此外，心理疗法中一般病人是被动的，例如在催眠术中大都是医生为病人催眠。气功疗法的特点则是发挥病人的主观能动性，病人在医生指导下，通过自我锻炼而恢复健康。

　　（6）自然疗法 气功疗法是自然疗法的一部分。自然疗法的范围很广，包括许多非药物性疗法，例如饮食疗法、森林疗法、花香疗法、音乐疗法、温泉疗法等等。这些疗法大都起源于民间，充分利用自然环境资源，简便易行，除有保健作用之外，还常对特定的病症有较好疗效。从自然疗法的角度看，气功疗法是开发和利用自身自然潜能的康复方法，可以与其他自然疗法结合应用。