自公元220至580年的魏晋南北朝时期，虽战乱频繁，但气功学术仍有较大发展，葛洪的《抱朴子》、陶弘景的《养性延命录》是这一时期的代表。此外，气功偏差的最早病例、布气和内丹、引内气攻病等的最早记载，也出现于这一时期。

1、《抱朴子》与《养性延命录》

《抱朴子》对古代气功的贡献是多方面的，主要如：①明确提出了三丹田的位置，认为“脐下二寸四分下丹田……心下绛宫金阙中丹田……人两眉间……三寸为上丹田”；②提倡胎息，认为“虽云行气，而行气有数法焉……其大要者，胎息而已”；③概括气功作用，认为气功（导引）的作用是“疗未患之疾，通不和之气”，用现在的话来说，就是防病治病。④论述了关于动功的功法和意义，他的动功有类似于今天保健功的坚齿之道，和含有龙导、虎引、熊颈、龟咽等仿生方法的聪耳之道。他提倡以仿生功法延年益寿，“知龟鹤之遐寿，故效其导引以增年”。至于“行气可以治百病，或可以入瘟疫，或可以禁蛇虎”等关于气功作用的描述，有明显的夸张色彩。另外，葛洪虽喜爱气功，但其对外丹更是情有独钟，他称外丹为大术，而称气功为小术。参见《葛洪谈“气”论“小术”》

《养性延命录》对气功的贡献，主要在功法方面：静功方面，该书的最大贡献是记载了六字诀，即“纳气有一，吐气有六。纳气一者，谓吸也；吐气有六者，谓吹、呼、唏、呵、嘘、呬，皆出气也”；动功方面，该书收载的五禽戏，可能是华佗五禽戏最早的文字版本，但书中记载的这套功法难度很高、运动量很大，与明清时期的同名功法大相径庭。

2、“偏差”“内丹”“布气”与引气攻病 

气功偏差的最早记载，或为曹丕的《典论》：“军祭酒弘农董芬，学甘始鸱视狼顾、呼吸吐纳，为之过差，气闭不通，良久乃苏。”

“内丹”一词，最早见于佛教天台宗三祖慧思的《立誓愿文》：“我……为护法故求长寿命，不愿生天及余趣，愿诸贤圣佐助我，得好灵草及神丹，疗治众病除饥渴，常得经行修诸禅，愿得深山寂静处，足神丹药修此愿，藉外丹力修内丹。”

布气治病的记载，始见于《晋书》中的幸灵。参见《幸灵布气治痿痹》。

练功过程中引内气攻病症的方法，始见于东晋张湛的《养生要集》（《养生要集》原书已佚，日人的《医心方》保留了部分内容）。其方法是：“凡行气欲除百病，随所在作念之，头痛念头、足痛念足，和气往攻之，从时至时，便自削矣。”

3、嵇康、王羲之与达摩

嵇康是魏国“竹林七贤”之一，他在《养生论》中倡导气功养生。认为养生之要，“修性以保神，安心以全身，爱憎不栖于情，忧喜不留于意，泊然无感，而体气和平。又呼吸吐纳，服食养身，使形神相亲、表里相济也”。

素有“书圣”之称的王羲之，也颇爱气功，他的书法能够“入木三分”，与其长期的气功锻炼不无相关。有人描写王羲之“欲书者，先乾研墨，凝神静思，预想字形大小，偃仰，平直振动，令筋脉相连，意在笔先，然后作字”。据说他对鹅特别喜爱，并自编了仿生功法“鹅掌戏”，还有他曾精心书写《黄庭经》与道士换了一群鹅的传说。参见《文人墨客气功情》。

达摩，中国佛教的初祖，传说他曾经“面壁而坐，终日默然”长达九年，其“壁观”对气功调心意守，有很大的影响。与达摩同时代的高僧还有北魏的昙鸾，《续高僧传》说他善调心练气，能对病识象。《云笈七签》载有他的服气法，“初宽坐，伸两手置膝上，解衣带，放纵肢体，念法性平等，生死不二，经半食顷，闭目举舌奉颚，徐深长吐气，一息二息，旁人闻气出入声，初粗渐细，十余息后，乃得自闻声。凡觉又痛痒处，便想从中而出，但觉有异，渐渐长吐气，从细至粗，十息后，还如初”。这种方法，对后世功法操作有很大的影响。