木、火、土、金、水五行构成了五大系统，这一系统不但将人体以五脏为核心分为五大系统，而且还将人与自然联系在一起，因此，也是气功崇尚自然、注重“天人合一”观的重要纽带之一。

五行配五音

以五行配五音的原则，确定六字诀的对应脏腑。在传统中医学中五行-五脏-五音有固定的“配属”，如：五行的木对应五脏的肝、五音的角。气功学参照这个原则，以发音呼吸时的吐字，对应各个脏腑。这种对应关系自《圣济总录·神仙服气》明确为“嘘属肝，呵属心，呬属肺，吹属肾，呼属脾，嘻属三焦”后，一直沿用到现在。

五行与六字诀

以五行关系确定六字诀应用。这里所说的五行关系主要是指五行的生克关系，及“实者泻其子，虚者补其母”的治则。具体体现在四个方面：

①按相生（木→火→土→金→水→木）选字，如陶弘景在《养性延命录》中提出六字诀时所说的那样，“肝脏病者，眼疼愁忧不乐，呵气出之”。这里既涉及五行的相生理论（肝属木、木生火，心属火、对应呵音），又体现了“实者泻其子”的治则（木生火，心为肝之子），故选呵字以泻肝之子，在实际应用时，一般多嘘（对应肝）、呵同选。如金元四大医家之一的刘河间在《素问玄机原病式》中所说的“实者行其本化之字泻之”。这一用法，当代气功理论学家马济人称之为“并去我生法”。

②按相克（木→土→水→火→金→木）选字，如金元四大家之一的刘河间在《素问玄机原病式》所说的“杀鬼”，也就是“衰者行其胜己之字泻之”。如：当患者出现胁痛郁闷易怒、食欲减退、腹胀便溏时，辨证当属木（肝）克土（脾）所致，六字诀当选嘘字以泻肝（木）护脾（土）。

③按相侮（木→金→火→水→土→木）选字，如当出现咳嗽而兼见胁痛、易怒、目赤等时，辨证当属木侮金（中医术语为木火刑金），治疗可重点选择“嘘”字，以泻肝火而减轻对肺金的克伐。

④按季节选字养生，最有代表的就是冷谦《修龄要旨》中的“四季却病歌”：“春嘘肝目木扶肝，夏至呵心火自闲；秋呬定收金肺润，肾吹唯要坎中安，三焦嘻却除烦热，四季长呼脾化餐。”

五行配五方

以五行配五方的原则确定练功方向。有的功法讲究练功时的方向，已被列为北京市朝阳区非物质文化遗产的五行掌就是一例。五行掌的五节功法推、拓、云、捏、摸，锻炼时有明确的朝向和季节要求，其依据就是五行学说。其中：推法属木，木在东方应春，故宜春季多练，面向东方，功能行肝经之气；拓法属火，火在南方应夏，故宜夏季多练，面向南方，功能行心经之气；云法属土，土在五行中应长夏，故宜长夏季多练，由于“中”的方向是一个不可操作的概念，所以从心，仍然面向南方，功能行脾经之气；捏法属金，金在西方应肺，故宜秋季多练，面向西方，功能行肺经之气；摸法属水，水在北方应冬，故宜冬季多练，面向北方，功能行肾经之气。

五行配五色

以五行配五色的原则确定“五气护身存想法”。《素问·遗篇·刺法论》中的操作方法是，“气出于脑，即室先想心如日，欲将入于疫室，先想青气自肝而出，左行于东，化作林木；次想白气自肺而出，右行于西，化作戈甲；次想赤气自心而出，南行于上，化作焰明；次想黑气自肾而出，北行于下，化作水；次想黄气自脾而出，存于中央，化作土”，以此实现“正气存内，邪不可干，避其毒气”的目的。

五行与内丹

在内丹术中的特殊应用——“三五归一”和“攒簇五行”。①“三五归一”。其中：“三”是指“火木合侣为一家，金水合处为一家，中央戊己土为一家”（《悟真篇翼注》）；“五”是指五行生存之数，也是对“三家”的展开，金四、水一合为五，火二、木三合为五，土主长生为五；“归一”是指将“三五”合于中央而结“丹”。故“三五归一”又称“三家相见”。②“攒簇五行” 亦称“攒竹五行”。攒簇的意思是集中在一处。它的操作《养生秘录》是这样描述的：“含眼光，凝耳韵，润鼻息，缄舌味，四大不动，使金、木、水、火、土，俱会于中宫功，谓之攒簇五行也。故精、神、魂、魄、意，攒簇为神住。”其核心是，依据五行学说，通过对五官的特殊操作，将五脏所藏之神、魄、魂、意、志聚合在一起，从而达到聚意住神的目的。