从公元960年至1368年的南北宋与金元时期，气功发展有几个特点：一是内丹形成流派，并融入医学实践；二是中医学家普遍青睐气功，诸多流派都将气功应用于临床；三是随着印刷术的发展，气功相关书籍的修订加快。

1、内丹流派的形成

内丹术“迨及宋元，乃缘参同炉火而言内丹，炼养阴阳，混合元气。斥服气胎息为小道、金石符咒为旁道、黄白玄素为邪术。唯以性命交修，为谷神不死，羽化登真之诀。其说旁涉禅宗，兼附易理”。清《校刊抱朴子内篇序》中的一段话，从一个角度描绘了宋元内丹术的概貌。文中以“炉火”指代内丹三要素——鼎炉、火候、药物，以“服气胎息”指代除内丹外的其他静功，以“金石符咒”指代外丹，以“玄素”指代房中术，以“禅宗”指代佛教，以“易理”指代儒家。其间的内丹术代表人物有张伯端、王喆等。

张伯端，浙江天台人，自幼好学，自谓“幼亲善道，涉猎三教经书，以致刑法、书算、医卜、战陈、天文、地理、吉凶死生之术，糜不留心研究”。相传在其晚年时，遇到真人授以金丹、药物、火候之诀，自此改名用成，号紫阳山人，六年后写成《悟真篇》。该书以诗词体裁，以儒、释、道三教一理的观点，阐述内丹术。张氏内丹思想的核心是，强调寻真药、辨鼎器、明火候，并指出，真药是体内的精气神，修炼的要点是取坎填离，即将坎卦（☵）中间的那个阳爻（—）与离卦（☲）中间的那个阴爻（- -）“对换”，即“取”坎卦中的阳爻来“填”离卦中的阴爻，由此实现纯阴（☷）纯阳（☰）的先天“混沌”状态，达到“返老还童”的目的。由于《悟真篇》在内丹史上由特殊的意义，故被后世与《周易参同契》一起，奉为内丹两大经典。张伯端传内丹于石泰，石泰传薛光道，薛光道传陈楠，陈楠传白玉蟾，由于他们五人的活动主要在南方，故被后世尊奉为南宗五祖，又因为张伯端是天台人，故又将其称为天台宗，并将其传承的内丹术的特点，概括为“先命后性”——先修以强壮形体为主的命功，后修以精神意识为主的性功。

王喆，陕西人。相传其48岁时遇仙人，得其修炼真诀后悟道出家。之后，去山东传道说法，先后收马钰、谭处端、刘处玄、丘处机、王处一、郝大通、孙不二7人为徒，后被尊奉为北宗七真，并将其传承的内丹术的特点，概括为“先性后命”。

2、气功医疗的发展

这一时期气功医疗的发展概貌，可从金元四大家对气功的钟爱窥得一斑。以刘完素、张从正、李东垣、朱丹溪为代表的四大中医流派，他们的学术观点不尽相同，但都认可气功的临床作用。参见《金元医家常用“功”》。由宋代医家增补的《素问·遗篇·刺法论》有两处与气功有关：一是治疗肾脏病的方法，“寅时面向南，净神不乱思，闭气不息七遍，以引颈咽气顺之，如咽甚硬物，如此七遍后，饵舌下津令数”；二是提出以存想法预防疫病，并由此提出“正气存内，邪不可干”的著名论断。

3、气功书籍的概貌

这一时期，除了刊印一大批含有气功内容的医书、佛经、道藏外，还出现了一些有价值的气功书籍，如《道枢》《圣济总录》《鸡峰普济方》《寿亲养老新书》等。

《道枢》宋代由曾慥编纂，其内容涉及气功著作、人物、功法、理论等。其中的气功著作包括《周易参同契》《坐忘论》《悟真篇》等，人物包括纯阳子、海蟾子、阴真君、赤松子等，功法包括胎息、呼吸、调气、存想，理论包括太极、周天、坎离、服气、炼精等。书中介绍的立式八段锦，被认为是最早的文字记载：“仰掌上举，以治三焦者也；左肝右肺，如射雕焉；东西独托，所以安其脾胃矣；反复而顾，所以理其伤劳矣；大小朝天，所以通其五脏矣；咽津补气，左右挑其手；摆鱓之尾，所以祛心之疾矣；左右手攀其足，所以固其腰矣。”其基本要领、作用，与现行之八段锦已非常接近。

《圣济总录》中关于气功的内容，集中在书的最后三卷中；《鸡峰普济方》提出的以意引气法，目前仍在应用，“意者气之使，意有所到则气到。每体不安处，则微闭气，以意引气到疾所而攻之，必差”。《寿亲养老新书》则将前人的六字诀应用于老年人。